An den Kraftwerksstandorten der E.ON Wasserkraft befinden sich 111 Naturschutz- und Landschaftsschutzgebiete, Vogelschutz- und Flora- Fauna-Habitat-Gebiete. Kraftwerksstauseen bilden rund ein Drittel aller deutschen Vogelschutzgebiete.

An zahlreichen Wasserkraftwerken gibt es Aufstiegshilfen oder Umgehungsgerinne für Fische. Ökologisch wertvoll ist auch die Reinigungsfunktion der Kraftwerksrechen. So entsorgt die E.ON Wasserkraft Jahr für Jahr tausende Tonnen Schwemmgut und Wohlstandsmüll. Das verursacht Kosten von 1,5 bis 2 Millionen Euro jährlich - eine Dienstleistung für die Allgemeinheit.